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HiC数据处理全攻略:从原理到实践 探索HiC测序的奥秘! HiC测序的原理是利用生物素标记交联有互作的染色体片段,将它们固定在同一条片段上。 准备基因组索引 使用bwa工具为参考基因组建立索引,这是数据处理的第一步。 测序数据比对 利用bwa将测序数据比对到基因组,这是数据处理的核心步骤。 🠦𐦍滤 过滤比对数据,可以选择使用hicpro, hicexplorer, juicer等软件,但推荐使用pairtools。pairtools由4D Nucleome Consortium团队开发,专注于研究基因组结构和功能的复杂性。 选择pairtools的理由 pairtools是由4DN数据协调与创新中心(4DN DCIC)的成员开发的,专注于Hi-C数据的处理和分析。随着技术的发展,pairtools可能会成为处理HiC数据的标准工具。 立即行动 现在就开始使用pairtools处理你的HiC数据,享受高效和准确的处理体验!
启动子捕获Hi-C:探索基因互作奥秘 在生物学研究中,理解基因的调控机制至关重要。启动子捕获Hi-C技术为我们提供了探索基因互作的新视角。以下是我在这项技术学习过程中的一些心得体会。 目标:发现与目标基因互作的区域 我们的目标是找到那些与目标基因互作的区域,包括增强子和转录因子等调控元件。通过分析这些互作关系,我们可以更深入地了解目标基因差异表达的原因。 启动子间的互作 启动子与启动子之间的互作是研究的关键。我们寻找与目标启动子区域互作的启动子,并对这些互作区域进行功能注释,以发现与目标基因协同作用的基因。 启动子与非启动子区域的互作 除了启动子之间的互作,我们还探索启动子与非启动子区域(PIR区)的互作。这些PIR区可能是潜在的调控区域,对我们的研究至关重要。我们对这些区域的调控元件进行注释,包括增强子、转录因子、CTCF、启动子旁调控元件和染色质开放区。 젥䚧合分析 多组学联合分析为我们提供了更全面的视角。例如,Hi-C、RNA-seq、cut&tag和ATAC-seq等技术可以解释远程调控机理,如增强子调控机制。而GWAS、RNA-seq、ATAC-seq和Hi-C的结合则有助于解释非编码区域碱基变异/结构变异与疾病的关系。 通过这些分析,我们能够更深入地理解基因的调控机制,为未来的研究打下坚实的基础。
西海岸歌迷的梦想音乐会: 11月30日将在罗山居举行“Kings Of The West”演唱会,参演嘉宾包括: Snoop Dogg、E-40、Bone Thugs N Harmony、Too Short、Warren G、Xzibit、Tha Dogg Pound、Mack- 10、DJ Quik、Suga Free、Tha Eastsidaz、Lighter Shade of Brown、2nd II None、Hi-C 和 Jayo Felony。
Hi-C数据可视化工具大盘点 嘿,大家好!今天我们来聊聊Hi-C数据的可视化工具。无论你是生物学家、数据科学家还是对基因组学感兴趣的人,这些工具都能帮你更好地理解和展示Hi-C数据。让我们一起来看看这些强大的可视化工具吧! 网页工具 Nucleome Browser:这个工具让你能在3D空间里交互式地探索基因组数据,简直酷到不行! HiGlass:如果你有大型Hi-C数据集,HiGlass能帮你快速可视化这些数据,效率杠杠的。 HiCognition:这是一个网页化的数据探索工具,界面友好,操作简单,非常适合初学者。 HiBrowser:这个工具可以本地化部署,支持上传本地数据,安全性高,功能强大。 HiCrayon:这个工具综合了Hi-C、ChIP和RNA数据,能帮你全方位地了解基因组结构。 R包 抇ENOVA:这个R包能深入分析基因组组织,特别适合那些喜欢用R语言的朋友们。 HiCBricks:处理大型高分辨率Hi-C数据集,效率超高,绝对是科研工作者的好帮手。 plotgardener:这个R包专注于基因组数据可视化,界面美观,功能全面。 HiTC:早期Hi-C计算工具,虽然名字有点老,但功能一点也不逊色。 Docker HiGlass:Docker化后的HiGlass,让你能在任何地方快速可视化大型Hi-C数据。 HiCube:这个Docker工具支持多尺度和多模态Hi-C数据的交互式可视化,简直是为科研量身定做的。 Linux平台软件 𛊧cMapExplorer:专为Hi-C数据可视化和分析设计的Linux软件,功能强大,操作简单。 HiCExplorer:处理、分析和可视化Hi-C和cHi-C数据,效率高,结果准确。 Juicebox:这个Linux软件专注于Hi-C实验的可视化,界面友好,使用方便。 其他工具 ️ CIRCHIC:环形可视化Hi-C数据和整合基因组数据,特别适合那些需要全局视角的朋友们。 pyGenomeTracks:绘制基因组track图,支持多种数据格式,灵活性高。 CoolBox:多组学数据交互式可视化工具,让你能全方位地了解基因组结构。 trackplot:可视化NGS数据,包括Hi-C,界面美观,操作简单。 这些工具各有特色,选择适合自己的工具进行Hi-C数据的可视化和分析吧!希望这篇文章能帮到你,祝你在科研道路上越走越远!
iPhone新宠!华为CM33耳机 如果你正在寻找一款适用于iPhone 16和iPhone 15的有线耳机,那么华为的CM33耳机绝对值得一试。这款耳机不仅支持USB-C接口,而且音质表现也非常出色,甚至比市面上一些所谓的原装耳机还要稳定。 华为CM33耳机的特点 犕SB-C接口:这款耳机采用USB-C接口,无缝连接,双面可用,即插即听,非常方便。 Hi-Res认证:支持Hi-Res高解析音频认证,音乐细节更突出,让你享受无损音质。 经典设计:外观设计经典,耳塞弧度优化,佩戴更舒适稳固。 三键线控:增大的三键线控按键面积和凸起,操控更自由。 抗风噪设计:抗风噪结构设计,有效降低风噪,让你在户外也能享受清晰的音乐。 产品规格 插头标准:USB Type-C 按键:音量+,音量-,接听/挂断 喇叭额定功率:10mW 喇叭最大功率:40mW 喇叭额定阻抗:320hm+10% 喇叭灵敏度:106B+1.5/-3.50B 麦克风灵敏度:-42dB+/3dB 产品型号:CM33 执行标准:Q/DKBA2425-2017 价格 𐊨🙦쾨价格也非常亲民,大约在3-40多元左右,性价比非常高。 总结 如果你正在寻找一款适用于iPhone 16和iPhone 15的有线耳机,华为CM33绝对是一个不错的选择。它不仅支持USB-C接口,而且音质表现也非常出色,佩戴舒适稳固,操控自由,抗风噪设计更是让你在户外也能享受清晰的音乐。价格也非常亲民,性价比非常高。
VBS63羽毛球线:弹控兼备 𘠧线选择 VBS-63 BADMINTONSTRING VICTOR HIGH RESILIENCE VBS-63 MEDIUM FEELING mx10m 细 弹 颜色选择 A象牙白 D鞭炮红 荧光黄 G冷 E 绿 M宝石蓝 O荧光橘 Q活力粉 VICTOR YVICTOR VICTOR VICTOR HICHRESILIENGE HIGHRESILIENGE HCHRESILIENGE HEHRESILENGE VBS-63 VBS-63 VBS-63 VBS-63 MEDIUN 细 细 弹细 弹 弹细 YVICTOR YVICTOR VICTOR YVICTOR HIGHRESILIENGE HICHRESILIENCE HIGHRESILIENGE GHRESILIENGE VBS-63 VBS-63 VBS-63 VBS-63 EDIUM EDIUM MEDIUMFE 细 细 细 细 弹 弹 弹 性能分析 VBS-63 弹 性 线性 耐久性 控球性 击球音 弹性:弹性好的没话说 ⷨ久:细线里耐打稍微强点 ⷦ秐:十分适合于控制 ⷩ:甜区有很清脆的鞭击声 (Hard) VBS-68 VBS-70 VBS-66N 反弹性 耐久性 (Repulsion (Durability) power) VBS-63 VBS-70P VBS-69N VBS-68pP 总结: VBS63作为一款0.63mm线径的线,弹性自然是 好的没话说,但是由于弹性加持可以带来更 快的球速,所以刚用的话很容易出界,需要 一段时间去适应,反手和接杀能清楚的感受 到线的弹性带来的借力。他的耐打性并不像 威克多的其他线一样比对标的线耐打,比尤 尼克斯的BG63耐打性反而差点,而且手感和 保磅性也差那么点意思,不过保磅性还是中 规中矩的。打感上偏软,反馈感比较清晰, 有包裹感,后场的劈吊和滑板手感也十分清 晰,杀球时的落点十分好控制,十分适合于 追求落点和控制,平时打中磅的球友,不过 中磅下小球控制难度稍微上升。缺点是容易 跑线和高磅下耐打太过于鸡肋。
为nova9与hi nova9对比 华为nova9和hi nova9,哪个更优? 首先,hi nova9并非传统意义上的华为手机,但它与华为有紧密联系。这款手机由中邮发布,可看作是华为Nova9的5G版本。 ꠦ稃𝤸,hi nova9搭载高通骁龙778G,安兔兔跑分高达525904分,满足日常使用需求。 𑠥𘊯20赫兹刷新频率的OLED屏幕,带来流畅体验。拍照功能也强大,支持多种拍摄模式和变焦。 续航方面,4300毫安电池支持66瓦有线快充,充电时间短,续航能力强。 ᠥ 𖤻细节如type-c耳机接口、屏幕指纹识别等,都体现了其高品质。 頥 此,如果你看重5G网络和华为的丝滑体验,hi nova9是个不错的选择!但若你更看重华为品牌,则需根据个人喜好权衡。
「Hi_Hat新女团超话」| Hi-Hat Trainee Film - LEE CHAE WON “我们CHAEWON从小专注力就很高,很聪明,事事都想做得完美.” “CHAEWON一开始对我说想成为爱豆的时候,我记得我是反对的.但当我每一次看到CHAEWON在舞蹈学院的街头公演上总是迫不及待地想登上舞台时,我有了应该让CHAEWON登上更大的舞台,被更多的人所熟知的想法.” “就这样,我自然而然地支持起了CHAEWON的梦想.” “CHAEWON呐!看到你为梦想而努力的一面,我深受感动.既然明白你背后所付出的努力,爸爸妈妈也会担起成为1号粉丝的重任.” From My First Fan - Chaewon’s Mom LightAWish的微博视频
【藏羚首个染色体水平的高质量基因组公布】 记者从青海省科技厅了解到,11月12日,中国科学院西北高原生物研究所研究员张同作联合青海大学副教授魏青等团队,成功组装了藏羚染色体级别的基因组,首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息,相关研究结果在《自然》旗下综合性科学期刊《科学数据》上发表。 研究团队基于PacBio HiFi三代基因组测序、Hi-C测序和DNBSEQ-T7二代基因组survey测序三种测序技术,成功组装了藏羚染色体级别的基因组。基于EDTA和RepeatModeler从头预测的藏羚基因组中重复序列注释结果表明,藏羚基因组重复序列主要由SINEs、LINEs、LTRs和DNA transposons四种类型组成,序列总长度为1.65Gb,占基因组的52.47%;基于蛋白同源预测、蛋白从头预测和深度学习等多种策略,在藏羚基因组上共注释到28330个功能基因。 研究团队首次获得藏羚染色体水平的高质量基因组和注释信息,为藏羚的适应进化遗传机制、保护遗传学研究及进一步探索物种迁徙行为的遗传机制提供了重要的基因组资源。
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